Dobu, ve které má tradice japonských origami počátek, dnes již přesně nelze určit. Je ale jisté, že Japonci se seznámili s tajemstvím výroby papíru u Číňanů již počátkem 1. tisíciletí n. l. tedy asi o tisíc let dříve než první Evropané. V nejstarších dobách byly papírové skládanky v Japonsku užívány při náboženských obřadech a při výzdobě šintoistických svatyní. Šintó je tradiční japonské náboženství, ve kterém je uctívána bohyně Slunce, nejrůznější božstva, ale i zvířata a pohádkové bytosti. Ostatně tyto skládanky tam najdete dodnes. Papírové řetízky poskládané podle přesných pravidel se zavěšují s trsy slámy na "výstražných" šňůrách šimenawa, jež označují hranici posvátného území svatyně, za kterou smí vstoupit jen kněz. Podobné šňůry s papírovými skládankami visí i před vchody do japonských domů, kde symbolizují skutečnost, že je dům očištěn a připraven k novoročním oslavám.
Jako zábava se začaly papírové skládanky v Japonsku šířit až někdy v 17. století. Zmínky o nich se objevují i v různých literárních dílech v 18. a 19. století, takže víme, že už tehdy Japonci znali asi sedmdesát druhů skládanek. Byla to různá zvířátka, pohádkové bytosti i pouhé ozdoby. Již tehdy se však formovala základní zásada japonských origami: ne věrně kopírovat tvar skutečných předmětů, ale pouze je zjednodušeně symbolizovat. Hlavní důraz se přitom klade za to, aby výsledná podoba byla jednoduchá a působila esteticky vyváženým dojmem.
Někdy kolem roku 1800 byl poprvé složen i papírový jeřáb orizuru, který je dnes v Japonsku vůbec nejoblíbenější skládankou, a rozšířil se i do mnoha jiných zemí celého světa. Jeřáb patří mezi tradiční japonské symboly dlouhého života, a proto si lidé často desítky nebo i stovky skládaných jeřábů navlékají na dlouhé šňůry a zavěšují v bytě pro štěstí. Zhotovování šňůr s tisícem navlečených papírových jeřábů je také stále oblíbenou zábavou nemocných, kteří věří, že tak přispívají ke svému uzdravení. Zvlášť dojemně působí setkání s těmito origami v památnících obětí atomového bombardování v Hirošimě a Nagasaki. Také známý pomník dětským obětem Hirošimě znázorňuje jedno desetileté děvčátko, které v ruce drží nedokončeného papírového jeřába. Zemřelo, aniž se mu jich podařilo složit vytoužený tisíc...
Největšího rozkvětu dosáhly v Japonsku skládanky origami koncem 19. století a tuto oblibu si udržely dodnes. S jednoduchými skládankami se seznamují děti již v mateřských školách a origami jsou zahrnuty i do učebních osnov výtvarné výchovy na základních školách. Origami však není výlučně dětskou záležitostí. V Japonsku je i seriózní tvůrčí činností dospělých a mistři origami jsou všeobecně uznáváni.
Způsob skládání nejstarších origami se původně předával ústně od rodičů dětem. V minulém století však bylo sepsáno několik obsáhlých publikací s podrobnými návody a skládanky v těchto knihách dnes tvoří jakýsi "zlatý fond" tradičních origami, kterým se v Japonsku říká denšó origami (na rozdíl od sósaku origami vytvořených až v novější době).